Η υποταγή του Σουλίου στον Αλή Πασά στις 12 Δεκεμβρίου 1803 σηματοδότησε μια από τις πιο τραγικές σελίδες της ελληνικής ιστορίας. Μετά τη θυσία του καλόγερου Σαμουήλ στο Κούγκι και τα δραματικά γεγονότα στο Ζάλογγο και τη μονή Σέλτσου, οι Σουλιώτες αναγκάστηκαν να εγκαταλείψουν την πατρίδα τους, σκορπίζοντας στην υπόλοιπη Ελλάδα. Ο Αλή Πασάς, θέλοντας να εξαλείψει κάθε ίχνος της σουλιώτικης παρουσίας, προχώρησε σε αντίποινα, ερημώνοντας το χωριό Γλαβίτσα και οδηγώντας τους κατοίκους του σε καθεστώς καταναγκαστικής εργασίας στα κτήματά του στην Ήπειρο και την Αλβανία.
Στοχεύοντας να αποτρέψει κάθε πιθανότητα επιστροφής των Σουλιωτών, ο Αλή Πασάς μετέτρεψε το Σούλι σε οχυρό, εγκαθιστώντας εκεί μουσουλμανικές οικογένειες από τη Λιαπουριά και χτίζοντας ένα μεγαλοπρεπές κάστρο στην Κιάφα, στα πρότυπα των Ιωαννίνων. Μετατρέποντας την εκκλησία του Αγίου Δονάτου σε τζαμί, επιχείρησε να αλλοιώσει τον χαρακτήρα της περιοχής. Ωστόσο, η επιθυμία των Σουλιωτών για επιστροφή στην πατρίδα παρέμεινε άσβεστη, και το 1820, εκμεταλλευόμενοι τη ρήξη του Αλή Πασά με τον Σουλτάνο, επέστρεψαν δυναμικά, διεκδικώντας ξανά τα χώματά τους και ανακαταλαμβάνοντας το κάστρο.
Η τελική αποχώρηση των Σουλιωτών από την περιοχή ήρθε το 1822, μετά από σκληρές μάχες και την αδυναμία διατήρησης της άμυνας λόγω έλλειψης εφοδίων και βοήθειας. Μετά την αναχώρησή τους για την Κεφαλονιά, το Σούλι περιήλθε στη δικαιοδοσία των Αγάδων της Παραμυθιάς, ενώ σταδιακά άρχισε να κατοικείται από Έλληνες κτηνοτρόφους. Η οριστική απελευθέρωση της περιοχής από τον μουσουλμανικό ζυγό επήλθε τελικά στις 23 Φεβρουαρίου 1913, κατά τη διάρκεια των Βαλκανικών Πολέμων, αποκαθιστώντας την ιστορική δικαιοσύνη για τον ηρωικό αυτό τόπο.